同年，酷吏来俊臣欲罗告武氏诸王及太平公主，又欲诬李旦、李显与南北衙共同谋反，拟一网打尽。武氏诸王与太平公主都十分害怕，共同揭发其罪行，下狱处以极刑。仇家争食其肉，不一会就食尽。来俊臣凶狡贪暴网罗无辜，织成反状，杀人不可胜计，“赃贿如山，冤魂塞路”。武则天亦知天下愤怨，下令历数其罪状，并没收其家财。
圣历元年（698年），武承嗣、武三思谋求为太子，几次使人对武则天说：“自古天子没有以异姓当做继承人的。”武则天犹豫未决，宰相狄仁杰对武后说：“姑侄之于母子，哪个比较亲近（武承嗣、武三思为武则天之侄，李显、李旦则为武则天之子）？，陛下立儿子，那么千秋万岁后，会在太庙中作为祖先祭拜；立侄子，那么从未听说侄子当了天子，把姑姑供奉在太庙。
”又劝武则天召还李显。自此后，武则天无意立武承嗣、武三思为太子，并将李显秘密接回洛阳。控鹤监内供奉吉顼、张易之、张昌宗都曾请求武则天立李显为储君，皇嗣李旦亦请求逊位于李显。
在来自各方面拥护李唐的压力下，武则天进一步认识到人心所向的是李唐宗室，如果再一意孤行，就会有丧失人心的危险。而在后来一次征兵中，“初募兵，无有应者，闻太子（李显）行，北郊山头皆兵满，无容人处。”此事更加说明李唐才是众望所归。在经过多方权衡之后，武则天最终决定立李显为皇太子。
退位去世
主词条：神龙政变
武则天解决了继承人的问题后，志得意满，加上年龄增长，开始耽于享乐，大修宫殿、佛寺，又修建歌功颂德的“天枢”。
武则天的面首张易之、张昌宗兄弟年少美姿容，常傅朱粉、穿着华丽的衣服。武承嗣、武三思等都争着追捧他们，甚至为他们执鞭牵马。当时，武则天已经进入真正意义上的暮年，老病缠身的她长时间不能上朝，对朝政的控制力下降，她将二张兄弟当做耳目。
二张逐渐插手朝政，陷害宰相魏元忠，不仅跟大臣结怨，也使得武则天回归李唐、传位太子的形势发生逆转，引起了政局的复杂化，武则天母子、君臣关系也因此空前紧张起来。据史料记载，武则天的孙女永泰公主因与丈夫武延基和邵王李重润一起议论二张，被构陷处死。
神龙元年（705年）正月，武则天病笃，居住在迎仙宫卧床不起，只有张易之、张昌宗兄弟侍侧。宰相张柬之、崔玄暐与大臣敬晖、桓彦范、袁恕己等，交结禁军统领李多祚，佯称二张谋反。
于是发动政变，率禁军五百余人，冲入宫中，杀死二张，随即包围武则天所寝集仙殿，要求武则天退位。武则天被迫禅让帝位与太子李显，随后徙居上阳宫（洛阳禁苑之东）。李显上武则天尊号为“则天大圣皇帝”，武周一朝结束。二月，唐朝复辟，百官、旗帜、服色、文字等皆复旧制，复称神都为东都。
武则天逝世地——上阳宫
神龙元年十一月二十六日（705年12月16日），武则天在上阳宫的仙居殿病逝，享年八十二岁。遗诏省去帝号，称”则天大圣皇后“，并赦免王皇后、萧淑妃二族以及褚遂良、韩瑗、柳奭三人的亲属。[6]神龙二年（706年）五月，与高宗合葬乾陵
虽然唐室依照她的遗诏谥号，后来仍有数次修改：
唐隆元年（710年），改为天后。
景云元年（710年），改为大圣天后。
延和元年（712年），改为天后圣帝，不久后，改为圣后。
开元四年（716年），改为则天皇后。
天宝八载（749年），加谥则天顺圣皇后。
王者大陆的背景故事中中:
长安城内至高无上的女帝陛下，永远不会忘记自己被诅咒的命运与理想国的梦想。
身为天才法师，她在十四岁时暂露头角，并被谄媚的地方官贡献给长安的宫廷。但因为芈月的前车之鉴，她的美貌以及破坏性法力引起了王室的警惕，将她囚禁在寺院中。
彼时天真的少女为不公平的待遇感到愤怒和痛苦。然而寺院中无名的预言老人接近她，向她揭示了未来的命运与古代魔道的奥秘。武则天很快被前所未有的知识吸引。老人要求她发誓运用力量和地位对抗魔种。因他预知自己时日无多，需要扶持一个傀儡来防止魔种卷土重来。
就像老人预言的那样，先帝即位后，前往寺院祭祀时对武则天一见钟情，将她带入皇宫。走出寺院的武则天展开巧妙而痛快的报复。她献计献策，促使新帝从疯狂的血族手中守护长安，收揽了如狄仁杰和李靖这样的能臣名将，俨然成为了崇高与光明的化身。崇尚强者的臣民很快为她所倾倒，当先帝驾崩后，她如愿成为帝国的女帝。
她的野心成长到足够茁壮后，不愿再受腐朽老者的操纵，更不愿作他的傀儡。她偷偷与召唤师签订了契约，借来了更多的力量。
随后在那一天，她约请老者重逢。老者一踏入寺院时便遭遇了袭击。他并不畏惧，他是太古魔导，世间最强的英雄之一。但是在召唤师的帮助下，武则天召唤出有史以来最强烈的光辉，这股力量来自被老者击败并深深厌恶的大魔神王，却更加明亮和纯粹。
魔神王已死，他的理想依然借助召唤师之手在人间王者中流转。这种理想的执念，连生存了漫长时光的老者也无法抵御。他没有想到，他的预言竟应验在最得意的弟子身上。
老者被封禁陷入长眠。女帝的力量已登峰造极。她发现了老者遗留的典籍，得知远方还有另一个世界。被称为恶魔之王的撒旦统治着黑暗的手下，并策划着吞灭东方世界的阴谋。老者终身追求的，就是从恶魔手中预防灭世末日的来临。
女帝露出轻蔑的笑容。如果恶魔能够吞并东土，那么为何自己不能反过来抢先吞灭恶魔的王者？所有的王者都应该被她踩到脚下，向她朝拜。无论他们是人是魔。
说到底，这个天下，这个世界，以及所有王者梦想的未来统一的理想国，终究都属于她——武则天。