建安三年（198年），周瑜和鲁肃一块同行回到吴郡（今江苏苏州）。孙策闻周瑜归来，亲自出迎，授周瑜建威中郎将，调拨给他士兵两千人，战骑五十匹。此外，孙策还赐给周瑜鼓吹乐队，替周瑜修建住所，赏赐之厚，无人能与之相比。孙策还在发布的命令中说：“周公瑾雄姿英发，才能绝伦，和我有总角之好，骨肉之情。在丹阳时，他率领兵众，调发船粮相助于我，使我能成就大事，论功酬德，今天的赏赐还远不能回报他在关键时刻给我的支持呢！”周瑜时年二十四岁，吴郡人皆称之为周郎。
因庐江一带，士民向来佩服周瑜的恩德信义，于是孙策命他出守牛渚、后来又兼任春谷长。
建安四年（199年）孙策要攻打荆州，拜周瑜为中护军，兼任江夏（治湖北新州西）太守，随军征讨。十二月，孙策率周瑜等人攻破皖城，虏获袁术刘勋家人及他们部下的男女亲族。其中桥公二女皆国色天姿。孙策自纳大乔，周瑜纳小乔。孙策对周瑜说：“桥公之女，虽经战乱流离之苦，但得我们二人作女婿，也足可庆幸了。”接着进攻寻阳，败刘勋，第二年年初讨江夏，又回兵平定豫章（今江西南昌）、庐陵（今江西吉安）。周瑜留下来镇守巴丘。
建安五年（200年）四月，孙策遇刺身亡，时年26岁，临终把军国大事托付孙权。孙权统业时，年龄尚小，只有会稽、吴郡、丹阳、豫章、庐陵数郡，其偏远险要之处也尚未全附。天下英雄豪杰散在各个州郡，并未和孙氏建立起君臣之间相互依赖的关系。张昭和周瑜等人认为孙权能与他们一起成就大业，所以倾心服侍他。
周瑜从外地带兵前来奔丧，留在吴郡孙权身边任中护军，同长史张昭共同掌管军政大事。当时孙权只是将军，宾客礼节都很简单，唯独周瑜用君臣的礼节表达对孙权的支持。
周瑜一次对鲁肃说道：“过去马援答复光武帝说过，‘当今之世，非但君择臣，臣亦择君’。如今我的主人孙权亲信贤人智士，接纳奇才异能，我听说古代哲人的神秘论证，接承天命替代刘氏者，必定起于东南，推算历数观察形势，最终会造建起帝王基业，与天命相符合，也正在东南。现在正是有识有志之士归附英杰的时代。我正通晓此理啊！”并向孙权鲁肃，说他有才干，可为辅佐之臣。建议孙权应该多方搜罗鲁肃这样的人才，以成就大业，不能让他们流散外地。
曹操在官渡之战打败袁绍后，在建安七年（202年），下书责令孙权送人质到曹操这里。孙权便召集群臣会商。大臣们众说纷纭，张昭、秦松等重臣犹豫再三，不能决断。
孙权本意不想送人质。于是，他只带周瑜一人到母亲面前议定此事。周瑜分析利道：“当年楚君刚被封到荆山的边上时，地方不够百里。他的后辈贤能，扩张土地，开拓疆域，在郢都建立根基，占据荆扬之地，直到南海。子孙代代相传，延续九百多年。(首发、域名(请记住_三<>
现在将军您继承父兄的余威旧业，统御六郡，兵精粮足，战士们士气旺盛。而且，铸山为铜，煮海为盐，人心安定，士风强劲，可以说所向无敌，为什么要送质于人呢？人质一到曹操手下，我们就不得不与曹操相呼应，也就必然受制于曹氏。那时，我们所能得到的最大的利益，也不过就是一方侯印、十几个仆人、几辆车、几匹马罢了，哪能跟我们自己创建功业，称孤道寡相提并论呢？为今之计，最好是不送人质，先静观曹操的动向和变化。
如果曹操能遵守道义，拯救天下，那时我们再归附也不晚；如果曹操骄纵，图谋生乱玩火必自焚，将军您只要静待天命即可，为何要送质于人呢？”