朱允炆1377年（明洪武十年）12月5日出生于应天府（今南京），是明朝第二位皇帝，年号“建文”，明太祖朱元璋的孙子，懿文太子朱标第二个儿子，但朱标的长子朱雄英早故，朱标原配常氏死了以后，朱允炆的母亲吕氏也得以扶正，所以明太祖朱元璋就视朱允炆为嫡长孙。
朱允炆从小聪明好学，极其孝顺。十四岁时，朱标生病，朱允炆小心侍候，昼夜不离开一步。这样持续了两年，洪武二十五年（1392年）朱标病死，朱允炆被立为皇太孙。朱允炆守孝时因过度哀伤而消瘦，朱元璋安慰说：“而诚纯孝，顾不念我乎”。
朱允炆由于自幼熟读儒家经书，所近之人多怀理想主义，性情因此与父同样温文尔雅，即长皆与宽大著称。洪武二十九年，朱允炆曾向太祖请求修改《大明律》，他参考《礼经》及历朝刑法，修改《大明律》中七十三条过分严苛的条文，深得人心。
1368年2月，朱元璋开始为王朝定下传统，即立朱允炆的父亲朱标为太子，因为朱标是他的长子。朱元璋的目标是为皇位的合法继承树立一个正式的原则，希望以此杜绝将来在皇位继承问题上的纷争。朱标在许多方面都不像他的父亲：他性情温和而有教养，但不很勇武。明太祖虽然对他的第四子朱棣的军事才能有很深的印象，但为了王朝的利益，他仍把朱标看作最恰当的继任人选。使皇帝震悼不已的是，朱标在他的盛年37岁时（即1392年5月17日）死去，谥号懿文太子。按照原则，嫡长子不在则应立嫡长子嫡长孙，但是朱标大儿子早夭，而朱元璋看到嫡长子次孙朱允炆表现的十分孝顺而很是喜欢，后来立其为太孙。[4]
朱元璋死前密命驸马梅殷（宁国公主之夫）辅佐新君，遗诏命皇太孙朱允炆继位。朱元璋驾崩几天后，朱允炆于1398年6月30日在南京即位，时年21岁。他确定下一年为建文元年，并尊封他的母亲二皇妃吕氏（1402年死）为皇太后。关于朱允炆的个性和他在位时的国内发展情况现已无可信材料，因为朱允炆时期的档案文献和起居注全遭毁灭，而私家记述又概遭禁止。[5]
年轻的建文皇帝书生气十足而又温文尔雅，他继承了他父亲的温和和好思考的脾性。他腼腆，且又毫无国政经验；且不说和他的前皇祖考相比，甚至比起他的雄才大略的叔父们，他也没有那种自信心和坚强的性格，甚至也没有那种能力。这位年轻皇帝的温顺性格和儒家教育，因此他衷心向往的是实行理想的仁政。他在政府的言论和行事上努力实行一些较大的变革，但这些变革却招致了灾难性的后果。
朱允炆把三位儒家师傅引为心腹，他们是黄子澄、齐泰和方孝孺。这几位老者对朱允炆关于君之为君的概念起了强有力的作用。黄子澄（1402年死）是一个很受人尊敬的儒家学者，他在1385年举进士第一名。他在明太祖时代担任过很多官职，现在被朱允炆任命为翰林学士，并参与国家政事。齐泰（1402年死）也是1385年的进士，是一位对经书学有大成的学者，特别精于礼和兵法。他在洪武帝弥留之际受顾命，以护卫皇太孙和嗣君，被新皇帝任命为兵部尚书，参与国政。方孝孺（1357—1404年）早在四十来岁的初年就已经是声名卓著的学者，以文章家和政治思想家闻名，未中过举，在他很晚的岁月才开始进入仕宦生涯。朱允炆即位以后被召为翰林侍讲。[6]
这三位儒家学者以各种不同方式影响皇帝。黄子澄和齐泰变成了皇帝的心腹，用儒家的修齐治平理论教育他。他们负责研究一些新政策并付诸实施，目的在改组帝国的行政和加强皇帝的权威。方孝孺是《周礼》，一部关于乌托邦式政府的经典著作——专家，他发觉他所见到的是个人专制统治的缺点，因此他建议皇帝应该根据古代经典所提出的理想和形式来实行仁政。所有这三个人都勇敢、正直和满怀着理想。但是，他们都是书呆子，缺乏实践意识和从事公共事务的经验，也没有领导才能；他们对于问题的分析往往限于纸上谈兵，不切实际。[7]
燕王反叛
令人难以对付的燕王朱棣生于1360年5月2日，他的生母也许是洪武帝的一位贡妃，据说她或者是蒙古人，或者是朝鲜人。他不是像他自己后来所说的那样为马皇后所生；他的这种说法是想在他从他侄子手中夺取了帝位以后按照嫡长子继承原则使他的即位合法化。他长得坚强有力，同时也精通武艺，而且据说在学习儒家经典和文学方面也是出色当行的。他的文学功底在正史中有所表述，因为这种成就符合一个儒家君主的公开的形象。[8]1370年5月，洪武帝把他封为燕王，定他的封地在北平（今北京），让他坐镇北方边境，以保证国内的安全和抵御蒙古人的入侵。
那时的燕王只有10岁，直到他成年以后才于1380年4月去北京就国。到了这时，他在宫廷已经接受了优秀学者和佛教和尚们的最好的通才教育。他在明王朝头等将领们的辅导之下也已经开始表现出军事领导才能；特别是徐达（1332—1385年）对他的教导更有效，因为1376年他在皇帝的意旨下娶了徐达的长女。[9]在往后的数十年中燕王守卫他的藩封时，他经常指挥对蒙古人的战斗，在老将们的辅弼之下很会打仗。他的功绩赢得了他父亲的好评，但也引起了后者的烦恼，因为他越来越变得心志不凡、目中无人和闹独立性。当1392年洪武帝册封他长兄的儿子朱允炆而不是指派他为皇嗣的时候，燕王显然是异常失望的。[10]
1398年末，即朱允炆即位之初的几个月中，皇帝开始考虑怎样增强自己的权力而同时削弱诸封建王国的权力，并且利用或有或无的罪名对那些较小较弱的藩王采取激烈的行动。周王朱橚（1361—1425年）是第一个倒台的，接着另外四个王子也垮了下来：代王朱桂（1374—1446年）；湘王朱柏（1371—1399年）；齐王朱榑（1364—1428年）；以及岷王朱楩（1379—1450年）。一年之内在五个举足轻重的藩封被废之后，燕王便成了下一个目标。朝廷承认他是最棘手的敌人，因此在行动上很小心谨慎；可是，这样一来反而给了燕王集结部队和作准备的时间。[11]
现在不能肯定，燕王何时才开始下定决心对抗朝廷。据有些材料说，他在道衍和尚（后名姚广孝）的影响下很早就有和朝廷对着干的意思；按，道衍是明太祖派到他的王府里来任事的，并博得了他的信任。道衍据说在朱允炆被封为储君以后曾向燕王进言，说他注定会有九五之分；他并且鼓励燕王谋划进一步实现他的雄心壮志。当建文朝廷开始清洗他的兄弟们的时候，燕王马上觉察到他的地位危殆，因而他就商于道衍（这时道衍已是他的主要顾问和谋略家），应该采取什么步骤来对付这一威胁。[12]燕王已经用招降蒙古士兵的办法扩充了他的部队，同时他又和那些对新皇帝已不再抱幻想的宦官内外勾结起来。可是他还无意立即行事，因为他的三个儿子正在南京作为人质，以保证他不乱说乱动。与此同时，双方的间谍和代理人来回打报告。燕王在1398年和1399年搞了许许多多鬼把戏，又是装病，又是装疯，请求遣反他的儿子们。直到1399年6月朱允炆才准许他的几个儿子回到他们父亲身边——历史学家们把这一决定称为愚不可及；燕王这才决心用军事行动抗命朝廷了。
敌对行动爆发于1399年7月末；那时有个忠于建文朝的军官抓到了属于燕王藩国的两名下级官员，并把他们送往南京以煽惑罪处死。燕王抓到了把柄，利用这个机会在8月5日向邻近几个州县发动军事进攻，借口要清除朝廷里的奸佞官员。这标志着在朝廷和燕王之间开始了一场血腥的、持续三年的军事对抗；后来这场战争被掩饰而说成是“靖难”之役。[13]
为了给他的叛乱设词辩解，燕王在后来几个月内精心策划了几篇文告：它们包括在1399年8月和12月致朝廷的两封信，以及后来给官民一体知照的宣言。这位藩王坚持说，他正在进行的是终止内乱的正义行动，而且无论衡之以儒家的孝道，还是衡之以规定诸藩王义务的《祖训录》中的条款，他的行为都是对的。[14]他指责皇帝，特别是指责他没有把他父皇的病情告知他，没有让他奔临丧葬；另外，还指责他毁坏先皇所居之宫室，从而背弃了洪武帝的祖训。
他还指责皇帝受齐泰、黄子澄等宵小之臣的诱惑，对诸皇子进行了迫害，并且错误地指控他在做军事准备来反对皇帝。他争辩说，他所采取的行动是正当的自卫，同时他要求皇帝去掉左右的奸诈顾问们，恢复太祖皇帝的法律和制度。除此之外他还声称，他有义务来执行这次惩戒使命，因为他是马皇后所生的最年长的健在儿子，就责无旁贷；他指天誓日地否认他对帝位感兴趣，只是说他是本诸《祖训录》中的规定而开始清除朝廷中的小人官员的。
根据现代历史学家所提供的材料，他的任何指责是否有充分的事实根据，或者他是否真正能够在当时就把这些论点公诸于世，是值得怀疑的。可是，这些指责对燕王来说却是关系成败的问题；最终地它们要使他对抗朝廷的行动站得住脚，并且还可帮助他纠集能够抗命的人马。这就是为什么这位藩王在篡夺皇位以后要窜改历史记述，把那些和他的言论相矛盾的记载统统去掉，换上支持他的合法继承权利的一些历史说词。[15]
兵败失位
1399年8月，燕王朱棣誓师抗命，下谕将士，打着“清君侧”旗号起兵“靖难”。史称“靖难之役”。朝廷和燕王之间开始了一场血腥的、持续三年的军事对峙。在叛乱开始的时期，燕王尚不占兵力上的优势。他的军队只有十万人；除了他的封地北京之外他也没有能够控制任何其他领土。南京的建文朝廷有一支三倍于燕王军队的常备军，拥有全国的经济，并且已经废除了几个藩国。但燕王的领导能力、高素质的军队却非朱允炆可比。随着战争时间的延长，朝廷指挥不当、兵力孱弱、内部松懈的缺点严重影响了战局。直至节节败退，许多将领投降了燕王。[16]
建文朝廷曾从朝鲜输入许多战马，想以此增强它的战斗力，因为朝鲜国王李芳远公开表示支持朱允炆打燕王。但是这些办法未能影响一败涂地的战争结局。[16]
建文四年六月，燕军渡江直逼南京城下，谷王朱橞与曹国公李景隆开金川门迎降，京师遂破。燕兵进京，在燕王军队抵达后的一场混战中，南京城内的皇宫大院起了火。当火势扑灭后在灰烬中发现了几具烧焦了的残骸，已经不能辨认，据太监说它们是皇帝、皇后和他的长子朱文奎的尸体。朱棣登位后，将忠于建文的诸臣剥皮的剥皮，下油锅的下油锅，把他们的女眷罚到教坊司当官妓，实行残酷的“转营”，即轮流送到军营中去，一个女子每一日一夜要受二十余男子的凌辱，情况还要经常报告朱棣，有被摧残至死的，朱棣就下圣谕将尸体喂狗吃了。
但朱允炆的下落终成为一件悬案。谁也不能肯定他是否真的被烧死了；后来对他的帝业抱同情心的历史学家们都说他乔装成和尚逃离南京。当时官方的记载当然只能说皇帝及其长子已死于难中；否则，燕王就不可能名正言顺地称帝了。朱允炆最后的真正命运仍然是一个谜。